Bandar udara internasional satu-satunya yang terdapat di Maluku adalah Bandara Pattimura (AMQ). Bandara ini terletak di kota Ambon, tepatnya 38 Km dari pusat kota Ambon.
Kota Ambon sebagai ibu kota Propinsi Maluku merupakan kota terbesar di kepulauan Maluku. Selain itu, Kota Ambon juga menjadi pusat pariwisata, pendidikan, sekaligus pelabuhan di propinsi tersebut.
Selama ini Bandara Pattimura dikelola oleh PT. Angkasa Pura I. Sejumlah fasilitas yang terdapat di bandara tersebut berupa ATM, executive lounge, tempat ibadah, restoran, kafe, fasilitas keimigrasian, tempat karantina, gedung bea cukai, gedung kargo, restoran, telepon umum, serta kantor pos. Bandara Pattimura kini juga dilengkapi dengan dua garbarata sehingga semakin memudahkan penumpang untuk naik maupun turun dari pesawat menuju ke ruang tunggu.
Perluasan terminal juga dilakukan, yakni dengan menambah gate D. Kondisi landasan pacunya kini dinilai sudah memadai karena telah dilengkapi dengan sejumlah sistim instrumen pendaratan. Dengan pembenahan tersebut diharapkan ada maskapai penerbangan internasional yang singgah maupun berangkat langsung dari Bandara Pattimura.
Adapun maskapai yang beroperasi di Bandara Pattimura antara lain Batavia Air (Jakarta, Surabaya), Garuda Indonesia (Jakarta, Makasar, Surabaya), Lion Air (Fakfak, Jakarta, Kaimana, Langgur, Sorong, Surabaya, Makasar), Wings Air (Makasar, Surabaya, Langgur, Nabire, Manokwari), Merpati Nusantara Airlines (Ternate, Neira, Wahai, Dobo, Langgur), Sriwijaya Air (Jakarta, Makasar, Surabaya), Trigana Air Service (Langgur, Sanana, Saumlaki, Ternate, Dobo), Xpressair (Langgur, Saumlaki, Sanana, Dobo).
Sarana transportasi publik yang bisa Anda gunakan menuju bandara ini antara lain berupa taksi bandara, bus DAMRI, dan angkutan umum. Informasi lebih lanjut mengenai Bandara Pattimura bisa Anda dapatkan di kantornya yang beralamat di Jl. Dr. Leimena Ambon atau di nomor telepon (0911)323770, 323771.
Selain bandara internasional, di Maluku juga terdapat sejumlah bandara domestik yang tersebar di beberapa kota. Di antaranya Bandara Amahai (AHI) di Masohi, Bandara Bandaneira (NDA) di Banda, Bandara Dobo (DOB) di Kepulauan Aru, Bandara Dumatubun (LUV) di Langgur, Bandara Emalamo (SQN) di Sanana, Bandara Gamarmalamo (GLX) di Galela, Bandara Gebe (GEB) di Gebe, Bandara Kuabang (KAZ) di Tobelo, Bandara Mangole (MAL) di Mangole, Bandara Namlea (NAM) di Namlea, Bandara Namrole (NRE) di Namrole, Bandara Nangasuri (BJK) di Benjina, Bandara Sultan Babullah (TTE) di Ternate, Bandara Taliabu (TAX) di Taliabu, Bandara Wahai (WHI) di Pulau Seram, dan Bandara Buli di Maba.