Ada sejumlah kota di Papua yang memiliki bandara, baik untuk penerbangan internasional maupun domestik. Untuk penerbangan internasional antara lain (1) Bandara Sentani (DJJ) di Jayapura. Maskapai yang beroperasi di bandara ini yakni Batavia Air, Garuda Indonesia, Merpati Nusantara Airlines, Lion Air, Expressair, Air Efata; (2) Bandara Frans Kaisiepo (BIK) di Biak.
Sejumlah maskapai yang melayani rute penerbangan melalui bandara ini antara lain Garuda Indonesia, Interisland Airlines, Merpati Nusantara Airlines, Susi Air; (3) Bandara Mozes Kilangin (TIM) di Timika; (4) Bandara Mopah (MKQ) di Merauke.
Adapun bandara dengan rute penerbangan domestik tersebar di banyak wilayah di Papua. Di antaranya adalah sebagai berikut: Bandara Abresso (RSK) di Manokwari, Bandara Anggi (AGD) di Anggi, Bandara Apalapsili (AAS) di Jayawijaya, Bandara Arso (ARJ) di Arso, Bandara Ayawasi (AYW) di Sorong, Bandara Babo (BXB) di Babo, Bandara Bade (BXD) di Merauke, Bandara Batom (BXM) di Pegunungan Bintang, Bandara Bintuni (BXT) di Bintuni, Bandara Bokondini (BUI) di Jayawijaya,
Bandara Dabra (DRH) di Puncak Jaya, Bandara Elilim (ELR) di Jayawijaya, Bandara Enarotali (EWI) di Enarotali, Bandara Ewer (EWE) di Merauke, Bandara Illaga (ILA) di Paniai, Bandara Ilu (IUL) di Puncak Jaya, Bandara Inanwatan (INX) di Inanwatan, Bandara Jeffman (SOQ) di Sorong, Bandara Yemburwo (FOO) di Numfor Timur, Bandara Kambuaya (KBX) di Sorong Selatan, Bandara Kamur (KCD) di Asmat, Bandara Karubaga (KBF) di Jayawijaya, Bandara Kebar (KEQ) di Manokwari, Bandara Kelila (LLN) di Jayawijaya, Bandara Kepi (KEI) di Merauke,
Bandara Kimaan (KMM) di Merauke, Bandara Kokonao (KOX) di Mimika, Bandara Lereh (LHI) di Jayapura, Bandara Mararena (ZRM) di Sarmi, Bandara Merdey (RDE) di Manokwari, Bandara Mindiptana (MDP) di Boven Digoel, Bandara Moanamani (ONI) di Dogiyai, Bandara Mulia (LII) di Pucak Jaya, Bandara Oksibil (OKL) di Pegunungan Bintang, Bandara Pulau Gag (GAV) di Raja Ampat, Bandara Rendani (MKW) di Manokwari, Bandara Senggeh (SEH) di Keerom, Bandara Senggo (ZEG) di Mappi, Bandara Sinak (NKD) di Puncak Jaya, Bandara Sudjarwo Tjondronegoro (ZRI) di Serui,
Bandara Tanah Merah (TMH) di Tanah Merah, Bandara Teminabuan (TXM) di Teminabuan, Bandara Tiom (TMY) di Jayawijaya, Bandara Torea (FKQ) di Fakfak, Bandara Ubrub (UBR) di Keerom, Bandara Utarom (KNG) di Kaimana, Bandara Waghete (WET) di Deiyai, Bandara Wamena (WMX) di Wamena, Bandara Waris (WAR) di Keerom, Bandara Waisor (WSR) di Waisor, Bandara Yuruf (RUF) di Jayawijaya, Bandara Zugapa (UGU) di Paniai, dan Bandara Domine Eduard Osok (SOQ) di Sorong.
Wilayah Papua yang luas menjadikan transportasi udara adalah sarana yang paling sering digunakan, lebih mudah dan cepat untuk mencapai tujuan, oleh karena itu banyak sekali bandara/bandara kecil terutama disekitar area pegunungan. Pesawat yang dipakaipun kebanyakan adalah jenis propeller dengan kapasitas tempat duduk yang terbatas.
Baik penerbangan reguler ataupun charter melayani rute-rute di Papua, namun dari kebanyakan itu charter adalah metode yang sering dipakai, apalagi untuk keperluan bisnis, Ini adalah cara yang paling sering digunakan.